@techreport{oai:kanazawa-u.repo.nii.ac.jp:00034915,
 month = {Mar},
 note = {In this research, the author aimed to characterize structure of the tobacco rDNA spacer region and to establish in vitro rRNA transcription system using cell extract from tobacco cultured cells in order to know how the rRNA transcription is controlled in plant system. First, nucleotide sequence of the tobacco (Nicotiana tabacum cv. putit Havana SR1) rDNA large intergenic spacer (IGS) was determined and following results were obtained. (1) A short motif of TATATAAGGGGG, which is well conserved at the rRNA transcription initiation site (TIS) among various plants, was found in near the center of the rDNA IGS.(2) About 440 bp domain immediately before the TIS was extremely rich in A or T (81% A+T content). This domain has sequence homology to the AT-rich counterparts of tomato and potato rDNAs. (3) Four types of subrepeats (referred to as subrepeat I, II, III and IV, respectively) were present in the tobacco rDNA IGS.Subrepeat I, lying upstream the AT-rich domain, basically consists of six 217-bp elements. But, four of the six elements were truncated at the 5' or 3' regions. On the other hand, subrepeat II, III and IV are located downstream the TIS.Subrepeat II has fifteen elements of a 121 bp segment separated each other by a element of subrepeat III (20 bp) or IV (14 bp). Second, in order to establish in vitro transcription system for tobacco rDNA, the author has tried to prepare transcriptionally active whole cell extract from tobacco BY2 cells by several methods for two years. Unfortunately, any signals of in vitro transcription products were not yet detected on electrophoresed gels. It is possible that the BY2 whole-cell extract may contain high nuclease activity causing degradation of rDNA templates and/or RNA products. Therefore, the author is now planning to prepare the nuclear extract from protoplast BY2 cells. 本研究の当初の研究計画は、(1)タバコrDNAのクローニングとスペーサー領域の塩基配列の決定、および(2)in vitro転写系の確立、の2点であった。 (1)のクローニングについては平成4年度に達成し、それをもとに2年間にわたってスペーサーの全領域の、4996bpの塩基配列を決定した。その結果以下のことが明らかになった。(I)転写開始点を含むと思われる、植物でよく保存された塩基配列(以下転写開始点と呼ぶ)がスペーサーのほぼ中央に存在する。(II)転写開始点より下流に互いにホモロジーの高い(90%以上)約120bpの配列が、14bpまたは20bpの2種類の短い配列を介在して15回繰り返されたサブリピートが存在する。(III)転写開始点のすぐ上流の約440bpにわたり非常にA-Tな領域が存在し、それが同じナス科植物のトマトあるいはジャガイモのrDNA転写開始点の上流域とホモロジーを有する。(IV)A-Tリッチ領域のさらに上流にもサブリピートが存在する。これは基本的には約220bpの配列が直列に6回繰り返されているが、その内の3つは後半の約90〜160bpが、1つは前半の約60bpが欠失した不完全な反復の形をとっている。 (2)のin vitro転写系に関しては、2年間にわたってタバコ培養細胞(BY2)の全細胞抽出液の調製方法について検討し反応に使用したが、今のところ転写活性を持ったものが得られていない。その理由として、これらの抽出液中のヌクレアーゼ活性が高いためと考えられるため、今後は核分画からのエクストラクトの調製法を検討しin vitroの反応系に導入する予定である。, 本研究の当初の研究計画は、(1)タバコrDNAのクローニングとスペーサー領域の塩基配列の決定、および(2)in vitro転写系の確立、の2点であった。
(1)のクローニングについては平成4年度に達成し、それをもとに2年間にわたってスペーサーの全領域の、4996bpの塩基配列を決定した。その結果以下のことが明らかになった。(I)転写開始点を含むと思われる、植物でよく保存された塩基配列(以下転写開始点と呼ぶ)がスペーサーのほぼ中央に存在する。(II)転写開始点より下流に互いにホモロジーの高い(90%以上)約120bpの配列が、14bpまたは20bpの2種類の短い配列を介在して15回繰り返されたサブリピートが存在する。(III)転写開始点のすぐ上流の約440bpにわたり非常にA-Tな領域が存在し、それが同じナス科植物のトマトあるいはジャガイモのrDNA転写開始点の上流域とホモロジーを有する。(IV)A-Tリッチ領域のさらに上流にもサブリピートが存在する。これは基本的には約220bpの配列が直列に6回繰り返されているが、その内の3つは後半の約90〜160bpが、1つは前半の約60bpが欠失した不完全な反復の形をとっている。
(2)のin vitro転写系に関しては、2年間にわたってタバコ培養細胞(BY2)の全細胞抽出液の調製方法について検討し反応に使用したが、今のところ転写活性を持ったものが得られていない。その理由として、これらの抽出液中のヌクレアーゼ活性が高いためと考えられるため、今後は核分画からのエクストラクトの調製法を検討しin vitroの反応系に導入する予定である。, 研究課題/領域番号:04640623, 研究期間(年度):1992–1993, 出典：「タバコrDNAスペーサー領域の構造とrRNA転写機構の解析」研究成果報告書　課題番号04640623
(KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）)
　　　本文データは著者版報告書より作成},
 title = {タバコrDNAスペーサー領域の構造とrRNA転写機構の解析},
 year = {1994}
}