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ヒストン修飾による5' -endトランスクリプトームとDNAメチル化の変化
https://doi.org/10.24517/00051561
https://doi.org/10.24517/000515616576b530-6191-42df-90bc-dab84d10ab9f
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
ME-PR-HASHIMOTO-S-kaken 2012-4p.pdf (193.0 kB)
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.png)
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| Item type | 報告書 / Research Paper(1) | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2018-07-09 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | ヒストン修飾による5' -endトランスクリプトームとDNAメチル化の変化 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | 5' -end transcriptome and DNA methylation in cells treated with histone deacetylase inhibitor | |||||
| 言語 | en | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18ws | |||||
| 資源タイプ | research report | |||||
| ID登録 | ||||||
| ID登録 | 10.24517/00051561 | |||||
| ID登録タイプ | JaLC | |||||
| 著者 |
橋本, 真一
× 橋本, 真一 |
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| 提供者所属 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 金沢大学医薬保健学総合研究科 | |||||
| 書誌情報 |
平成23(2011)年度 科学研究費補助金 基盤研究(C) 研究成果報告書 en : 2011 Fiscal Year Final Research Report 巻 2009-2011, p. 4p., 発行日 2012-06-12 |
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| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | DNAのメチル化、ヒストン修飾などのエピジェネティックな作用が、転写開始点およびその発現量にどのような影響をおよぼすか検討した報告は非常に少なくその詳細は明らかでない。そこで次世代シークエンサーを利用しゲノムワイドなDNAメチル化測定法を確立すると共に5'-end測定法を用いてエピジェネティックな作用が発現様式にどのような影響与えるかを検討した。脱アセチル化阻害剤(TSA)処理した大腸癌細胞株、HT-29からmRNAを単離し、5' end法を用いて検討した。SOLiDステムを用いて5' end tagをシーケンスし、約2, 000万個のtagを得た。未処理細胞と比較してTSA処理細胞は、2, 426個の遺伝子が変化しており、この変化は発現している全遺伝子の16%に相当した。次にこれらの遺伝子変化にDNAメチル化が関与しているかどうかを、開発したメチル化解析法(MSDS法)で検討したところ、数遺伝子領域を除いてはTSAによるメチル化の変化は観察されなかった。 | |||||
| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | Here, we performed the high-resolution study of 5'-end transcriptome and DNA methylation state of genome in a human colon cancer cell line, HT-29 treated with a HDACi, trichostatin A(TSA) by using next-generation sequencer. More than 20 million 25 base 5'-end tags were obtained from two libraries and matched to the human genome. The expression of 2, 426 genes, which corresponded to 16% of all expressed genes in a single cell type, differed significantly between the control and TSA-treated cells. Next, when we analyzed the functional relationship between their differential expression and the DNA methylation of associated genes by using newly developed MSDS, change of gene expression by TSA did not correlate with genome-wide of DNA methylation status, suggesting that demethylation limited sites may be specifically regulated by TSA leading to be change of particular genes. | |||||
| 内容記述 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 出典：研究課題「ヒストン修飾による5' -endトランスクリプトームとDNAメチル化の変化」課題番号21510202 （KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）） （https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-21510202/21510202seika/）を加工して作成 |
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| 著者版フラグ | ||||||
| 出版タイプ | AM | |||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=00313099 | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=00313099 | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21510202/ | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21510202/ | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-21510202/21510202seika/ | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-21510202/21510202seika/ | |||||
