{"created":"2023-07-27T06:56:43.409578+00:00","id":53632,"links":{},"metadata":{"_buckets":{"deposit":"8c2cd942-aa6e-4feb-8223-cc0843108b97"},"_deposit":{"created_by":18,"id":"53632","owners":[18],"pid":{"revision_id":0,"type":"depid","value":"53632"},"status":"published"},"_oai":{"id":"oai:kanazawa-u.repo.nii.ac.jp:00053632","sets":["2812:2813:2818"]},"author_link":["524"],"item_9_alternative_title_2":{"attribute_name":"その他のタイトル","attribute_value_mlt":[{"subitem_alternative_title":"天然物ケミカルバイオロジー: 分子標的と活性制御"},{"subitem_alternative_title":"Chemical Biology using bioactive natural products as specific ligands: identification of molecular targets and regulation of bioactivity"}]},"item_9_biblio_info_8":{"attribute_name":"書誌情報","attribute_value_mlt":[{"bibliographicIssueDates":{"bibliographicIssueDate":"2018-03-28","bibliographicIssueDateType":"Issued"},"bibliographicPageStart":"2p.","bibliographicVolumeNumber":"2014-04-01 – 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1WGR)を用いた。分子ドッキング計算はMD計算によって生成されたレセプターのアンサンブル構造に対して行う。本研究ではレセプターの分子誘導適合をモデルするために、ドッキングにより示された結合ポーズの構造最適化を行う。その後、最適化された結合構造に対しMM-GBSA法を用いてリガンド－レセプターの結合自由エネルギー（スコア値）を評価する。最後に、作成したリガンド分子配座に対して、結晶の基質座標をreferenceにした根平均自乗変位(RMSD)計算を行い、結果の正当性を評価する。本研究では1500個のレセプター構造に対して誘導適合分子ドッキング計算を行い、それらの結合ポーズに対するスコア値とRMSD計算を行った。\nドッキングによって予測された全ての基質配座のスコア値（結合自由エネルギー）をRMSD値に対してプロットした結果、RMSDの値が小さくなるに従って結合エネルギーが低くなる結果が得られ、開発した手法の有効性が示された。最も結合エネルギーが低かった時のリガンド分子の結合構造のRMSD値は ~ 0.9オングストローム程度であり、結晶で解かれた基質配座とほぼ一致する結果を示した。","subitem_description_type":"Abstract"}]},"item_9_description_22":{"attribute_name":"内容記述","attribute_value_mlt":[{"subitem_description":"研究課題/領域番号:26102722, 研究期間(年度):2014-04-01 – 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