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次世代シーケンサーによる系統解析の革新
https://doi.org/10.24517/00052531
https://doi.org/10.24517/00052531247446aa-b5b4-4dea-ad21-d063c97c82ac
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
AD-PR-NISHIYAMA-T-kaken 2014-6p.pdf (278.5 kB)
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.png)
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| Item type | 報告書 / Research Paper(1) | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2018-10-22 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | 次世代シーケンサーによる系統解析の革新 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | Revolution of Phylogenetic Analysis with Next Generation Sequencers | |||||
| 言語 | en | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18ws | |||||
| 資源タイプ | research report | |||||
| ID登録 | ||||||
| ID登録 | 10.24517/00052531 | |||||
| ID登録タイプ | JaLC | |||||
| 著者 |
西山, 智明
× 西山, 智明 |
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| 書誌情報 |
平成24(2012)年度 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究 研究成果報告書 en : 2013 Fiscal Year Final Research Report 巻 2011-2012, p. 6p., 発行日 2014-06-02 |
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| 出版者 | ||||||
| 出版者 | 金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設 | |||||
| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | 次世代シーケンサーを用いて、系統学的に枢要な位置にある生物の転写産物とゲノム両方のシーケンシングを行う事で、これまで困難であった古い分岐順序を統計的に高い信頼性をもって推定する事ができるようにすることを目指して研究を進めた。ゲノムサイズが400 Mb以下程度の生物については核ゲノムまで決定する事が現実的に可能であることがわかった。ゲノム配列を決定する事は、発現量の低い遺伝子、全長の長い遺伝子までデータを取得する事を考えるとかえって安価であるかもしれない。 | |||||
| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | This research aimed at sequencing both the genome and the transcriptome of organisms that occupy pivotal position in the phylogeny to allow resolution of difficult phylogenetic problems such as deep branches with high statistical confidence. A liverwort species, Jungermannia infusca, with an estimated genome size of 386 Mb was sequenced and assembled, indicating that sequencing nuclear genome of less than 400 Mb is realistically doable, and could be less expensive than focusing RNA-seq when one want to obtain low-expression level genes and very long transcripts. | |||||
| 内容記述 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 研究課題/領域番号:23657063, 研究期間(年度):2011-2012 | |||||
| 内容記述 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 出典：研究課題「次世代シーケンサーによる系統解析の革新」課題番号23657063 （KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）） （https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-23657063/23657063seika/)を加工して作成 |
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| 著者版フラグ | ||||||
| 出版タイプ | AM | |||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=50390688 | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=50390688 | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23657063/ | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23657063/ | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-23657063/23657063seika/ | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-23657063/23657063seika/ | |||||
