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非モデル生物におけるゲノム解析法の確立
https://doi.org/10.24517/00052532
https://doi.org/10.24517/0005253205991c34-6a8f-4342-bc35-c8481f142462
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
AD-PR-NISHIYAMA-T-kaken 2016-6p.pdf (179.0 kB)
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.png)
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| Item type | 報告書 / Research Paper(1) | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2018-10-22 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | 非モデル生物におけるゲノム解析法の確立 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | Establishment of genome analyses methods for non-model organisms | |||||
| 言語 | en | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18ws | |||||
| 資源タイプ | research report | |||||
| ID登録 | ||||||
| ID登録 | 10.24517/00052532 | |||||
| ID登録タイプ | JaLC | |||||
| その他のタイトル | ||||||
| その他のタイトル | 複合適応形質進化の遺伝子基盤解明 | |||||
| その他のタイトル | ||||||
| その他のタイトル | Genetic bases for the evolution of complex adaptive traits | |||||
| 著者 |
西山, 智明
× 西山, 智明 |
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| 提供者所属 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 金沢大学学際科学実験センター遺伝子研究施設 | |||||
| 書誌情報 |
平成27(2015)年度 科学研究費補助金 新学術領域研究(研究領域提案型) 研究成果報告書 en : 2015 Fiscal Year Final Research Report 巻 2010-04-01 - 2016-03-31, p. 6p., 発行日 2016-06-17 |
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| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | 非モデル生物において、複合適応形質を特定出来るようにするため、ゲノム解析、トランスクリプトーム解析、アノテーション、遺伝子発現比較の手法を開発した。新規ゲノム解析において、大インサート長のメイトペアライブラリー作成技術を確立しMbレベルのスキャフォールドが得られるようになり、長リードデータを出力する単一分子シーケンサーの出力のエラー補正を行って100kb以上のContig長が得られるようになった。また、遺伝子発現比較のため新規の計数正規化法を開発してRパッケージTCCとして公開し普及させた。 | |||||
| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | Genome and transcriptome sequencing, assembly, and annotation methods and expression profile analysis methods were developed to facilitate identification of genes responsible for complex adaptive traits in non-model organisms. Long mate-pair library construction enabled over Mb scaffolds and assembly utilizing long reads with single molecule real-time sequencing technology by Pacificbiosciences enabled over 100-kb contigs in multiple species. A novel robust normalization method for digital gene expression analyses were implemented and distributed in the R package TCC. | |||||
| 内容記述 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 研究課題/領域番号:22128008, 研究期間(年度):2010-04-01 - 2016-03-31 | |||||
| 内容記述 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 出典：研究課題「非モデル生物におけるゲノム解析法の確立」課題番号:22128008 （KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所）） （https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-22128008/）を加工して作成 |
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| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=50390688 | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=50390688 | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-22128008/ | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PLANNED-22128008/ | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PLANNED-22128008/22128008seika/ | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PLANNED-22128008/22128008seika/ | |||||
| 関連URI | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-AREA-3219/ | |||||
| 関連名称 | https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-AREA-3219/ | |||||
